A「経営ジッタイのない会社」とB「経営のジッタイを把握」で漢字が異なります。Aは「実際に指摘することのできるような具体的な形を備えたもの」(新明解国語辞典)なので「実体」です。Bは「ありのままの状態」(同)を意味する「実態」になります。
「経営」+「ジッタイ」のように読み方は同じでも意味によって漢字が異なるものは他にもあります。例えば「国境」+「コエル」は、どうなるでしょうか。「国境を越えて亡命」(通り過ぎるという意味)と「国境を超えた愛」(線引きにとらわれない、枠からはみ出すという意味)のように、「越」と「超」に分かれることになります。